百赞星人的妻子女百赞星人为了给丈夫报仇，派黑色奥特曼夏德奥特曼来到了地球。哉阿斯奥特曼在南极被夏德打败了。受着战败的影响，朝日胜人（关口正晴 饰）失去信心，从MYDO辞职了。

北川市郊外的湖内突然出现了恐龙。于是奥特警备队将恐龙冷冻，请环境生态学的户根崎教授进行调查。在夜间恐龙突然消失。同时户根崎教授面前出现了一对神秘男女，自称是他们让恐龙复活的。他们发明了理想的未来城市「生态都市」。对地球环境恶化感到焦虑的户根崎教授为了实现理想而协力，不过这却是梅特龙星人的可怕陷阱。

《机器人嘉年华》荒芜穷困的沙漠村落，一幢标着“机器人嘉年华”的庞然大物突然出现，绚烂的烟火和奋进的音乐伴随着阵阵欢呼声，共同展开了对人类的杀戮；《弗兰肯德齿车》电闪雷鸣，风雨交加，阴森古堡，疯狂的科学家制造的机器人即将苏醒，但是意外突然发生；《DEPRIVE》入侵的外星机器人虏走了可爱的小女孩，她的

怪奇现象调查组织SSP成员某天收到了来自艾克斯奥特曼的变身器艾克斯终端。有雨落入了敌人的陷阱，特殊防卫队Xio的队员大空大地（高桥健介 饰）被迫与艾克斯奥特曼解除了一体化的联系。在此之后，大地下落不明，艾克斯奥特曼值得拜托SSP和红凯（石黑英雄 饰）寻找大地。另一方面，时刻企图将美丽的东西变成宝石据

光之国最强的年轻战士赛罗奥特曼、传说的英雄戴拿奥特曼、慈爱的勇者高斯奥特曼，尽管来自不同宇宙的3位奥特英雄，为解决地球未曾有过的危机超越时空集结！个性不同的3位奥特战士们，和在苦境中已经失去希望的地球人类，用勇气和牵绊抓住希望和未来。

受到突如其来的怪兽袭击，地球上的人类几乎灭亡。为了人类最后的希望，由7名女性组成的TEAM·U守护着地球上最后的孩子。　　与此同时，因为听到呼唤而从其它宇宙前来的赛罗奥特曼、戴拿奥特曼和高斯奥特曼成功与TEAM·U会合。而侵略地球的幕后元凶百特星人，亦把魔手伸向地球上仅存的孩子……

奥特战士们的故乡——M78·星云“光之国”遭到神秘敌人的突然袭击，年轻战士赛罗奥特曼对自己的力量过于自信，一度陷入危机。在父亲赛文奥特曼的帮助下，赛罗奥特曼成功突围并消灭了敌人。为了弥补自己的草率，赛罗奥特曼只身一人担负起一探敌人真正身份的任务。他戴着父亲给予他的万能物品——赛罗手镯，向着未知的宇宙